أولاً ـ تلوث المياه
تتلوث المياه السطحية والجوفية بالمبيدات بعدة طرق أهمها :
مياه الصرف الزراعي تسهم في تلوث مياه الأنهار بالمبيدات كما تتسرب إلي المياه الجوفية .
إلقاء مخلفات مصانع المبيدات في الماء .
طائرات الرش تسهم بطريقة مباشرة في تلوث الأنهار .
دفن نفايات المصانع في مياه البحر.
ثانياً ـ تلوث المحاصيل والخضر والفاكهة
ثبت علمياً أنه برغم الامتناع عن استخدام بعض المبيدات لأكثر من 10 سنوات في بعض الأراضي إلا أن أي نبات يزرع في هذه الأراضي ما زال يحتوي علي بقايا هذه المبيدات، ومن أكبر المشاكل التي تواجه تصدير الحاصلات احتواؤها علي بقايا مبيدات، فالتربة التي يتواجد بها مبيد سوف ينتقل منها إلي الجذور فالساق فالثمار ومنها إلي الحيوان والإنسان. لذا يصعب الحصول علي عينة من المنتجات النباتية لا تحتوي علي بقايا من المبيدات. كما تتعرض المواد الغذائية للمبيدات أثناء مرحلة التخزين والحفظ نتيجة لرش المخازن بالمبيدات أو تبخيرها بالمبيدات الغازية أو خلط البذور بتركيزات عالية من المبيدات مما يشكل خطورة بالغة عند استعمال الأغذية.